Bauru já possuía uma bandeira, que sofreu modificações e sendo aprovada pela Câmara Municipal em 30 de setembro de 1991, foi oficializada pela Lei nº 3.393, de 9 de outubro de 1991.
Ela conservou o brasão, agora em novo estilo, e teve acrescentadas pontas de lanças, significando o pioneiro colonizador no seu avanço para o Oeste, desbravando sertões e plantando cidades.